งานประพันธ์ดนตรีของชาร์ป็องตีเยมีทั้งออราทอริโอ มิซซา อุปรากร และงานดนตรีเบ็ดเตล็ดอีกจำนวนมากที่ยากต่อการจัดเข้าหมวดหมู่ งานดนตรีสำหรับเสียงร้องหนึ่งหรือสองเสียงกับเครื่องดนตรีดูคล้ายกับเพลงคันตาตาแบบอิตาลีในยุคนั้นมาก คือเหมือนกันในทุกแง่มุมยกเว้นชื่อ ชาร์ป็องตีเยเรียกงานประพันธ์ที่ใช้ภาษาฝรั่งเศสว่า air sérieux หรือ air à boire และงานแบบเดียวกันที่ใช้ภาษาอิตาลีว่าคันตาตา

ชาร์ป็องตีเยไม่เพียงสร้างผลงานใน "ยุคแห่งการเปลี่ยนผ่าน" ซึ่งมีความสำคัญยิ่งต่อ "วิวัฒนาการของภาษาดนตรี ในจุดที่วิธีปฏิบัติของดนตรีโบราณ และปรากฏการณ์ใหม่อันได้แก่แนวเสียงประสานที่เข้าคู่อย่างกลมกลืน มีความเท่าเทียมกัน และช่วยให้อีกฝ่ายหนึ่งรุ่มรวยขึ้นด้วย" (จาก กาทริน เซซัก, มาร์ก-อ็องตวน ชาร์ป็องตีเย, ฉบับพิมพ์ ค.ศ. 2004, น. 464) เขายังเป็นนักทฤษฎีที่มีผู้นิยมนับถือด้วย เมื่อต้นทศวรรษ ค.ศ. 1680 เขาได้วิเคราะห์เสียงประสานในมิซซาที่ใช้กลุ่มประสานเสียงจำนวนมากของคีตกวีชาวโรมันชื่อฟรันเชสโก เบเรตตา (Francesco Beretta) (Bibliothèque nationale de France, Ms. Réserve VM1 260, fol. 55–56) ราว ค.ศ. 1691 เขาได้เขียนคู่มือสำหรับใช้ในการสอนดนตรีให้แก่ฟีลิปแห่งออร์เลอ็อง ผู้เป็นดยุกแห่งชาทร์ ต่อมาเขาได้ปรับปรุงเพิ่มเนื้อหาในคู่มือดังกล่าวเมื่อ ค.ศ. 1693 คู่มือทั้งสองรุ่นมีตกทอดมาถึงปัจจุบันผ่านเอเตียน ลูลีเย เพื่อนร่วมงานของชาร์ป็องตีเย ลูลีเยเรียกคู่มือเล่มหนึ่งว่า กฎการประพันธ์ดนดรีโดยนายชาร์ป็องตีเย (Règles de Composition par Monsieur Charpentier) และเรียกอีกเล่มหนึ่งว่า ส่วนเสริมจากฉบับต้นของดยุคแห่งชาทร์ (Augmentations tirées de l’original de Mr le duc de Chartres) (Bibliothèque nationale de France, ms. n.a. fr. 6355, fols. 1–16)

ในหน้ากระดาษเปล่าของคู่มือฉบับส่วนเสริม ลูลีเยได้จดหัวข้อซึ่งชาร์ป็องตีเยเขียนไว้ในตำราอีกเล่มหนึ่ง ลูลีเยเรียกตำราเล่มนี้ว่า กฎการบรรเลงประสาน โดยนายชาร์ป็องตีเย (Règles de l’accompagnement de Mr Charpentier) ตำราทางทฤษฎีดนตรีทั้งสามเล่มนี้อยู่ในความรับรู้ของนักวิชาการมานานแล้ว ทว่ามันไม่ได้แสดงถึงวิวัฒนาการของชาร์ป็องตีเยในฐานะนักทฤษฎีอย่างชัดเจนเท่าใดนัก จนเมื่อเดือนพฤศจิกายน ค.ศ. 2009 ตำราเล่มที่สี่ได้ถูกค้นพบในคลังหนังสือโบราณของห้องสมุดลิลลี (Lilly Library) ที่มหาวิทยาลัยอินเดียนา เมืองบลูมิงตัน สหรัฐอเมริกา ตำราเล่มใหม่นี้เขียนขึ้นด้วยลายมือของชาร์ป็องตีเยเองในช่วงไม่กี่เดือนสุดท้ายของ ค.ศ. 1698 มีเลขลำดับแบบโรมันว่า XLI เท่ากับว่านี่เป็นตำราลำดับที่ 41 ในชุดซึ่งนักวิชาการผู้ศึกษาเรื่องของชาร์ป็องตีเยไม่เคยรู้มาก่อน นับเป็นชุดตำราที่ผลิตออกมาตลอดเวลาเกือบสองทศวรรษ ตั้งแต่ต้นทศวรรษ ค.ศ. 1680 ถึง ค.ศ. 1698[21]